Против реформации вспыхнуло движение, получившее название «контрреформация». Борьбу против протестантов возглавил орден иезуитов, который был основан в 1540 г. Иезуиты напрямую подчинялись Папе Римскому, открывали школы, распространяли идеи католичества в разных странах.
В 1545 г. в итальянском городе Тридент состоялся церковный собор, который осудил Реформацию, подтвердил силу католических догматов и необходимость соблюдения церковной иерархии. Однако частично они пошли на встречу протестантам: приняли решение о создании духовных училищ, вводили меры против злоупотреблений священников и запретили торговлю должностями. Тем не менее, католики стали изымать протестантские книги из оборота и сжигать их. Заполыхали костры инквизиторов, на которых сгорели тысячи протестантов. Папа Григорий XIII активно поддерживал иезуитов, королей католиков и святую инквизицию. Его интриги и действия позволили укрепить позиции Римской католической церкви.
Реформация погрузила Европу в пучину войн и противостояний. Все эти события закончились подписанием Аугсбургского религиозного мира в 1555 г., был подписан мир между представителями лютеранства и католичества субъектов Священной Римской империи: римским королем Фердинандом и императором Карлом V. Мир признал лютеранство официальной религией, установил право населения империи на выбор вероисповедания.