Идеи Реформации довольно быстро проникли и во Францию. Франциск I какое-то время относился к протестантам толерантно, однако со временем он издал эдикт, согласно которому протестантизм объявлялся вне закона. Однако идеи Кальвина уже просочились в широкие массы. Французских протестантов принято называть гугенотами.
Идеи гугенотов нравились дворянам и предприимчивым горожанам. Первые хотели получить земли, которые могли быть изъяты у монастырей, а вторым нравились идеи Кальвина о честном труде, через который можно достичь спасения души.
В это время у власти оказался Франциск II, который был очень слаб здоровьем и к тому же был несовершеннолетним. Регентом при нем был герцог де Гиз, род которого считал неприемлемым идеи протестантизма. Они устроили гонения на гугенотов, что перетекло в крупную религиозную войну при Карле IX (1560-1574 гг.). Карл получил престол в возрасте девяти лет и регентом при нем снова назначили представителя династии де Гиз — Франсуа. Однако действия Франсуа де Гиза в отношении гугенотов развернули войну, которая длилась с 1562 по 1598 гг.
Католический север противостоял протестантскому югу. Протестанты Франции были поддержаны королем Генрихом Наваррским. Перемирие было достигнуто в 1572 г., когда был объявлен брак между Маргаритой де Валуа (сестрой короля) и Генрихом Наваррским. В августе 1572 г. гости со всей страны собрались в Париже отпраздновать это знаменательное событие. Однако в ночь на 24 августа де Гизы устроили резню гугенотов. За ночь было убито почти 30 тысяч французских протестантов. Это событие вошло в историю как Варфоломеевская ночь (так как резня состоялась перед праздником св. Варфоломея).
После смерти Карла IX на французский престол взошёл Генрих III (1574-1589 гг.). Генрих работал над усилением единства страны и уступил гугенотам. К тому же, в силу отсутствия наследников, он решил оставить престол Генриху Наваррскому — гугеноту. Против Генриха Наваррского выступили де Гизы. Их выступление вынудило Генриха III бежать из Парижа. В результате Генрих издал приказ об убийстве де Гиза, но и сам был убит их же сторонником. У власти оказалась династия Бурбонов во главе с Генрихом Наваррским.
Генрих Наваррский проявил гибкость, приняв католичество, когда стал главой государства. Благодаря его усилиям, Франция достигла мира. В 1598 г. Генрих издал Нантский эдикт, согласно которому гугеноты больше не считались еретиками и получали все гражданские права.
