Финансовый кризис летом 1998 года, ответственность за который общественное мнение возложило на аферы российских чиновников и спекуляции транснациональных финансовых сетей, усугубил неприязнь народа к политике Ельцина. Запад, оценив меру слабости России после этого кризиса, стал считаться с ней еще меньше. Если операции в Боснии можно было выдать за плод согласованных решений России, НАТО и ЕС, то в конфликт из-за Косова в 1999 году западные страны вмешались откровенно вопреки позиции Москвы.
Особенно серьезно реагировали в России на идеологическую подоплеку нападения НАТО на Югославию (фактически Сербию). Хотя формально целью натовской интервенции было пресечение нарушения прав человека в Косове, на самом деле применение военной силы против Белграда было первым опытом реализации доктрины «смены режимов», официально сформулированной в США несколькими годами позже. Руководство Сербии при Президенте С.Милошевиче не было ни демократическим, ни либеральным. Но столкновение белградского правительства с сепаратизмом албанского населения Косова было борьбой за территориальное единство страны, ее суверенитет и безопасность. Страны НАТО игнорировали это обстоятельство, придавая конфликту идеологический смысл «борьбы албанского населения Косова против авторитарного режима бывшего коммуниста Милошевича».
Но бывшими коммунистами были многие руководители стран Восточной Европы, включая Россию. В Москве аналитики писали о том, что если бы не ядерный потенциал России, то Запад применил бы силу и против российского правительства по тем же формальным причинам, что и против Милошевича. Найти повод было легко: в Чеченской Республике, на территории которой с начала 1990-х годов возник очаг терроризма, шли бои. Террористы убивали, грабили и изгоняли из своих домов местное, в основном нечеченское, население, захватывали населенные пункты, что влекло за собой смерти мирных жителей.
В разгар «косовского кризиса» весной 1999 года Президент Ельцин принял принципиальное решение о внесении изменений в Военную доктрину Российской Федерации. В новой версии, официально утвержденной в 2000 году, было оговорено право России на «нанесение ядерного удара первым» (first nuclear strike) — право, от которого Советский Союз добровольно отказался в конце 1970-х годов. Военная доктрина России в вопросе о применении ядерного оружия первым стала эквивалентна принятой в 1999 году на сессии Совета НАТО в Вашингтоне Стратегической концепции НАТО. А 12 июня 1999 г. Российские миротворческие войска в Югославии заняли аэропорт «Слатина» в косовской Приштине, не позволив высадится там НАТОвским войскам, прямого столкновения удалось избежать. Россия громко заявила о себе на международной арене.
Россия и Запад под давлением опыта отношений в 1990-х годах не только избавлялись от взаимных иллюзий, но и одновременно удерживали отношения в неконфронтационном русле. В 2000 году опыт российско-натовского взаимодействия во второй половине 1990-х годов был обобщен в российской внешнеполитической доктрине второго поколения, суть которой была выдержана в духе «избирательного партнерства». Это было отказом от оглашенного прежде либерального государственничества в пользу сдержанного государственничества («избирательного патриотизма»). Конкретно о точных рубежах «сдержанного национализма» ничего сказано не было, но было ясно: в политической элите «либералов» и «государственников» стало примерно поровну.
